《魔法科高校的劣等生第二季》讲述改编自佐岛勤原作同名轻小说，是该系列电视动画的第2期。2095年10月31日。由于未观测到的战略级魔法，朝鲜半岛南端的军事城市和舰队消失了。从被称为灼热的万圣节的这一天开始，世界将为新的战略级魔法师的登场而震撼。其中，拥有世界最强的魔法部队stars的北美美利坚合众国(USNA)更是陷入了危机，为了揭开秘密未观测的战略级魔法，以及使用魔法的魔法师的真面目而竭尽全力。两个月后的12月24日。街上充满了圣诞装饰和彩灯，达也他们为了参加雫的送别会，要去美国交换留学。他们聚在一起。雫去美国的时间是三个月。据雫说，代替她来到第一高中的是和她同岁的女孩子。据说是同岁的女孩子。同一时间，在USNA的stars基地，一名少女正在进行前往第一高中的潜入调查的准备。她的名字叫安吉丽娜库德希尔斯。作为stars历代最年轻的总队长，是能操纵战略级魔法赫维梅塔突发的USNA最强的魔法师。